细菌基因组测序

图1 大肠杆菌分离株的全基因组进化树

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技术路线

案例一 213株乳杆菌的比较基因组学分析

 

本文对213株乳杆菌属模式菌株,采用二代Illumina HiSeq 2000高通量测序平台绘制其基因组精细图谱,结合比较基因组和功能基因组分析方法,解析与菌株分化相伴随的功能基因进化历程,拓展其生物应用潜力。

案例分析

图1 452个属的进化分枝图

案例二 全肠外致病性大肠杆菌的大规模基因组测序

 

大肠杆菌(E. coli)为埃希氏菌属(Escherichia)代表菌。一般多为条件致病菌,某些血清型菌株的致病性强,严重腹泻和败血症,统称致病性大肠杆菌。其中,致病性大肠杆菌的抗生素耐药性,是相关医疗实践中的一个重要问题。本研究对288株尿源E.coli与血源E.coli进行基因组重测序,进行了基因组组装,Core-pan基因分析、全基因组关联分析。发现不同致病因素及抗生素抗性表型对应人体不同部位的感染性,并发现部分抗生素抗性相关的基因,并成功验证了部分已知抗性的基因。