数据挖掘与数据库搭建服务

Database

挖掘数据价值,打造科研基石

NPInter v2.0 (www.bioinfo.org/NPInter/)

NPInter数据库致⼒于收集RNA-RNA,RNA-protein,RNA-DNA等多种层面上的互作信息。目前,最新版本的NPInter数据库,囊括了68种实验技术产⽣的491,416个相互作用信息,涵盖188种组织或细胞系类型。

 

NPInter数据库发表以来,历经3个版本的升级,累计引用率超过100次,为目前RNA研究领域的功能注释提供了充足的数据支持。

关联多种公共数据库,科研信息实时共享

让数据体现价值的同时,提升科研价值

生物数据库界有名的案例

NONCODE数据库是目前国际上最全面最权威的非编码RNA数据库,特别是long non-coding RNA。自2005年发布第⼀版以来,NONCODE数据库已经历4次重⼤版本升级,目前提供16个物种的527,336条非编码RNA数据下载。

 

NONCODE数据库发表以来,各个版本累计引用率达到865次,为领域代表机构,RNA国际联盟RNAcentral首要推荐,是目前long non-coding RNA研究领域最常用最全面的知识来源。

肿瘤相关抗原(TAA)是人类肿瘤免疫治疗的重要靶标。为了加快TAA的发现进程,HPtaa数据库通过计算预测,获得了⼀系列可能的TAA,并且通过多种表达数据指标(芯片、表达序列标签和SAGE数据),对每个TAA进⾏了肿瘤特异性评价。

 

HPtaa数据库包含了23种⼈类肿瘤类型的3518个可能的肿瘤相关抗原。这些数据为进一步的癌症临床研究提供了重要参考。

Dr. VIS v2. 0 (//www.bioinfo.org/drvis)

人类基因组中,存在着多个病毒整合位点,这些位点常常与⼈类疾病有着密切联系。Dr.VIS数据库收录了3340个⼈类染⾊体上的病毒整合位点,这些位点来源于8种致癌病毒,能引起⾄少25种⼈类疾病。

 

病毒整合位点常常会带来染⾊体不稳定性增加,或引起基因表达量变化。因此,Dr.VIS数据库为新的致癌基因、抑癌基因和肿瘤相关通路的发现奠定了基础。

miRNA已被证明与多项生物学过程、多种⼈类疾病密切相关,尤其是⼈类肿瘤。dbDEMC数据库从14个肿瘤类型,48个芯片数据中,专门收录了人类肿瘤中发⽣差异表达的miRNA信息。

 

dbDEMC数据库含有607个差异表达的miRNA,其中绝⼤多数是成熟的miRNA(590),也包含⼀些前体miRNA(17)。这个数据库对于⼈类肿瘤研究、miRNA研究提供了数据支持。

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