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案例分析

●期刊:Epigenomics             

●发表时间:2017年10月                             

●影响因子:4.541

1. 课题思路:

       

收集了9例具有NODAT表型的个体,并且根据其他影响因素(年龄、性别及BMI指数)设置了对照,如下表1所示:

2. 实验结果:

肾移植后,在新发糖尿病汇总脂肪组织DNA甲基化谱系的改变

Adipose tissue DNA methylome changes in development of new-onset diabetes after kidney transplantation

DMRs分析及DMRs关联基因功能分析:DMRs分析得到899个区域(463个上调,436个下调),DMRs的部分注释结果如下表2所示,相关DMRs关联基因功能分析的部分结果如下表3所示:

图3. DMSs在基因组元件上的分布

DMS分析:在所有样本中总共检测到了3,000,000个CpG位点,其中78,739个位点的甲基化水平在两组之间出现了差异,这个差异化的甲基化位点在基因组元件上的分布如下图3所示:

图1. 基于甲基化图谱的样本相关性分析

以甲基化谱为基础,样本相关性如下图1所示,平均甲基化水平在基因组上不同元件的分布如下图2所示:

图2. 基因组上不同元件上的甲基化水平的比较

表1. 实验设计的样本组成情况

表2. DMRs关联基因列表

3. 研究结论:

本研究对NODAT患者的甲基化图谱进行了系统性的探索性研究,发现了多个DMRs区域,对于疾病的治疗以及预测有重要意义。

4. 参考文献:

Baheti S, Singh P, Zhang Y, et al. Adipose tissue DNA methylome changes in development of new-onset diabetes after kidney transplantation[J]. Epigenomics, 2017(14).

表3. DMRs关联基因功能分析结果

表4. DMRs关联基因与GWAS研究所得到的糖尿病危险位点的关联分析

DMRs关联基因与GWAS研究所得到的糖尿病危险位点的关联分析,结果如下表4所示:

 

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