RIP-seq

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案例一 利用RIP-seq研究m A去甲基化酶ALKBH5对维持细胞致瘤特性的作用

 

m A甲基化酶和去甲基化酶共同调控m A甲基化的平衡,进而影响基因表达和细胞的生命活动。本研究利用GSC11细胞系和GSC17细胞系的RNA样品,进行RIP-seq,发现m A去甲基化酶ALKBH5在胶质瘤干细胞样细胞(GSCs) 中显著高表达,当沉默ALKBH5表达会抑制胶质瘤病人体内GSCs的增殖。结合转录组和m A-seq分析发现,转录因子FOXM1是ALKBH5靶基因。ALKBH5通过去甲基化影响FOXM1 初级转录本,进而上调FOXM1表达,同时,长链非编码RNA FOXM1-AS 促进了 ALKBH5和FOXM1 初级转录本的相互作用。本研究揭示了ALKBH5及m A甲基化在胶质母细胞瘤中的重要作用。

图m A修饰特征和ALKBH5缺失细胞系基因差异表达 (a)实验组(shALKBH5)与对照组(shCtrl)间206个表达差异在2倍以上的韦恩图展示;(b)ALKBH5敲除或未敲除的GSC11细胞中的m A-seq峰;(c)实验组与对照组的GSC11细胞中m6A峰的数目;(d)m A被改变的基因的数目;(e)m A分布;(f)ALKBH5下游分析流程图;(g)FOXM1下游目标的mRNA相对水平。

参考文献

 

 

 

Zhang S, Zhao B S, Zhou A, et al. m6A demethylase ALKBH5 maintains tumorigenicity of glioblastoma stem-like cells by sustaining FOXM1 expression and cell proliferation program[J]. Cancer cell, 2017, 31(4): 591-606. e6.

 

案例二 利用RIP-seq技术在全基因组水平分析RNA结合蛋白Wig-1的靶RNA

 

本研究对正常与过表达Wig-1的两株细胞系(HCT116和Saos-2 cells)进行RIP-seq,以期找到Wig-1的靶RNA。结果表明,在HCT116和Saos-2细胞中分别获得了2335个和354个靶RNA,其中两者共有的靶RNA为286。但Wig-1-RNA复合物分布在所有表达的基因范围内(图1),说明Wig-1与靶RNA的结合与靶mRNA的表达水平没有相关性。此外,研究表明Wig-1与其靶mRNAs的结合是由位于转录本3′UTR区的ARE (AU富集元件) motifs所调控。

图 RIP-seq分析发现HCT116与Saos-2细胞有286种共同的Wig-1相关mRNA。(a) HCT116与Saos-2细胞中Wig-1相关mRNA的韦恩图展示;(b) HCT116细胞的RIP-seq数据散点图;(c) Saos-2细胞的RIP-seq数据散点图。

参考文献

 

 

 

Bersani C, Huss M, Giacomello S, et al. Genome-wide identification of Wig-1 mRNA targets by RIP-Seq analysis[J]. Oncotarget, 2016, 7(2): 1895.

 

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