全转录组测序

Song Y, Sun J, et al. Non-coding RNAs participate in the regulatory network of CLDN4 via ceRNA mediated miRNA evasion. Nature Communications. 2017;8:289. doi:10.1038/s41467-017-00304-1.

案例二 疾病研究—候选预后生物标志物筛选和PAAD发病调节机制

 

越来越多的证据表明长的非编码RNA可以作为竞争性内源RNAs(ceRNAs)与其他RNA转录产物相互作用,并且ceRNAs扰动在包括胰腺腺癌(PAAD)在内的癌症发生和发展中起重要作用。本研究中,我们使用配对的全基因组mRNA表达谱,lncRNA和miRNA以及它们之间的调控关系构建了PAAD特异性标志基因相关的ceRNA网络。基于“ceRNA假说”,我们分析了HceNet的特征,并将包含29个基因的ceRNA模块作为与PAAD患者总体存活相关的潜在预后生物标志物。 本研究为PAAD提供了候选预后生物标志物,并增加了我们对PAAD发病机制中与ceRNA相关的调节机制的理解。

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技术参数

案例一 癌症研究—非编码RNA可扮演预防胃癌的潜在生物标志物和治疗靶点

 

众所周知数以千计的基因癌症进展中发挥重要作用。由于基因不能单独运作,它们可以基于它们的相互作用被分组为“网络”。 本研究中,发现了调节胃癌的CLDN4网络。 其中观察到Claudin-4在胃癌中上调并且与不良预后相关。CLDN4增强AGS,HGC-27和SGC-7901细胞的增殖,侵袭和EMT,这可以通过miR-596和miR-3620-3p来逆转。 另外,lncRNA-KRTAP5-AS1和lncRNA-TUBB2A可以作为竞争性内源RNA来影响紧密连接蛋白-4的功能。

 

该研究证实了非编码RNA在紧密连接蛋白CLDN4的调控网络中发挥重要作用,因此非编码RNA应可被认为是预防胃癌的潜在生物标志物和治疗靶点。

A. GC中的mRNA-lncRNA-miRNA的网络。B. CLDN4的调控网络和功能机制图。

案例解析

(A)12个lncRNA、两个miRNA和15个mRNA模块的概述。 (B)模块分子的分级聚类热图和树状图。 (C)两个亚组患者的KM存活曲线。

Zhao L, Liu B. Identification of potential prognostic ceRNA module biomarkers in patients with pancreatic adenocarcinoma. Oncotarget. 2017;8(55):94493-94504.