全基因组重测序

图1. 中国猪和欧洲群体基因组多样性比较

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技术路线

案例一 亚洲野生稻是一个广泛基因流并且从栽培稻野化的杂交群体[1]

 

本文作者通过对已发表的大量野生稻和栽培稻基因组数据的深入挖掘,发现野生稻基因组中有着人工选择驯化的痕迹,进而证实有大量栽培稻基因流入野生稻群体。全基因组分析发现,现存野生稻群体中有着大量的来自栽培稻的遗传成分,甚至部分“野生稻”就是近期野化的栽培稻。而且亚洲不同地区野生稻群体,其遗传成分和本地种植的栽培稻成分有着很大的相关性。 

案例分析

图1 1.    全基因组数据分析水稻的群体结构

案例二 多个从头基因组组装研究猪的基因组多样性

 

根据参考基因组进行重测序数据的分析常带来一些问题,缺失一些未知的基因组变异。为了有效的研究猪的遗传多样性,本文作者搜集了9只来自欧亚大陆不同地理位置和表型的猪进行了基因组测序,首先和猪的参考基因组进行比较,找到一些SNP和结构变异。同时,发现137M的新的序列,其中包含1,737个蛋白编码基因。这些信息都不在之前的猪参考基因组上。这些研究阐明全基因组重头测序相对于重测序将提供更多的遗传信息,并且对农业生产和医学研究带来一定的启发。