lncRNA测序

案例二 lncRNA在矽肺发生过程中作用机制研究

 

       研究表明,长链非编码RNA(lncRNA)参与脂肪细胞的多个生物学过程中,但对于lncRNAs在脂肪能量代谢中作用的研究仍处于初级阶段。该研究通过分析WAT褐变、BAT活化和BAT失活过程中mRNA和lncRNA的表达谱,进行mRNA和lncRNA相关性分析,进而构建框架来研究lncRNAs在能量平衡和脂肪动力学中的功能。该研究首先寻找不同条件下差异变化的lncRNA,然后将lncRNA与mRNA进行关联分析,寻找有功能的候选lncRNA进行后续分析,最终选择lncBATE10作为目标分子。通过敲降目标分子lncBATE10,寻找下游调控分子,最终发现lncBATE10与Pgc1αmRNA竞争性结合Celf1这一调控机制。

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技术参数

图2 利用热图进行聚类分析

图2  褐变和白化研究中的基因与网络表达。

案例一  在SAMP8模型中系统研究AD中lncRNA的作用[1]

 

       阿尔兹海默症(AD)是老年人中常见的痴呆症,属于一种进行性神经退行疾病。关于AD发病机制的研究很多,但是关于lncRNA在AD形成中的作用研究较少。本研究选用2种小鼠模型SAMP8和SAMR1,对lncRNA在AD脑组织中的作用进行研究,通过SAMP8和SAMR1中小鼠大脑中lncRNA的鉴定、SAMP8和SAMR1差异表达分析、GO/KEGG功能分析、 lncRNA与AD相关性研究,最终得到lncRNA信息

图1 与白色脂肪组织(WAT)褐变有关的转录组分析

1 编码潜能分析

案例解析