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图2 与MYC相互作用来调控其转录功能的lncRNA

图1 胃肠道分子亚型

案例解析—Cancer Cell | 胃肠道分子特征

 

案例解析

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文章利用TCGA 971例食管、胃、结肠和直肠腺癌样本数据,包括SNP芯片分析、全外显子组测序、DNA甲基化芯片分析、mRNA测序和microRNA测序以及反相蛋白芯片分析。以确定胃肠道腺癌(GIAC)的分子特征,将GIAC分为五种亚型:EB病毒负荷高(EBV)、微卫星不稳定(MSI)、染色体不稳定(CIN)、基因组稳定(GS),以及高突变的单核苷酸变异(HM-SNV)。

 

图2 胃肠道突变特征

利用TCGA(The Cancer Genome Atlas)中6475个肿瘤样品的DNA甲基化水平和基因表达数据,全面解析了癌症中受DNA甲基化调控的lncRNA,进而筛选出了1006个在各种癌症中受DNA去甲基化水平调控并高表达的lncRNA。

 

案例解析—Cancer Cell | 与MYC蛋白相互作用调控MYC靶基因转录,从而促进肿瘤细胞的周期进程与癌症的发生。

 

图1 lncRNA基因甲基化分析