ChIP-seq

案例分析

●期刊:Genome Medicine               

●发表时间:2017年10月                             

●影响因子:7.071

1. 课题思路:

       WASp在基因以及基因间区富集,与蛋白编码基因起始转录位点紧密关联;

       经过分析,研究人员发现,在小鼠胸腺细胞以及脾脏CD4+ T细胞中,WASp蛋白结合的区域在基因(主要是内含子)以及基因间区均有分布(见下图1),且WASp在TSS附近富集程度显著(见下图2),WASp所富集的区域与RNA聚合酶Ⅱ结合区域联系紧密(见下图3);

2. 实验结果:

核Wiskott–Aldrich综合症蛋白(WASp)在T细胞中协同调控T细胞因子1(TCF-1)所调节的转录过程

Nuclear Wiskott–Aldrich syndrome protein co-regulates T cell factor 1-mediated transcription in T cells

      WASp富集区域包含一个TCF1结合位点(如图5所示),信息学分析结合实验(Co-IP)表明WSAp在核内直接与TCF1蛋白互作(见下图6)进而参与TCF1所参与的转录调控过程,其中包括对于TCF12的转录调控(见下图7);

图4. Peaks关联基因分析结果及reads在Tcf12基因附近的富集情况

      ChIP-seq结果显示WASp在小鼠胸腺细胞以及脾脏CD4+ T细胞共有的互作基因区域总有15个,其中包括TCF 12的蛋白编码区域(见下图4);

图3. WASp, RNA聚合酶Ⅱ的结合位点及多种组蛋白修饰在基因组上的分布

图2. Reads在TSS附近的分布

图1. Reads在基因元件上的分布

图5. WASp结合片段的motif分析结果

图6.Co-IP实验验证WASp与TCF1的互作

图7. TCF12的表达量受到WASp表达与否的影响

3. 研究结论:

      在核内,WASp通过TCF1来发挥其调控作用,进而对T细胞发育产生影响

4. 参考文献:

     Kuznetsov, Nikolai V, Almuzzaini, Bader, et al. Nuclear Wiskott–Aldrich syndrome protein co-regulates T cell factor 1-mediated transcription in T cells. Genome Medicine, 2017, 9(1).

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